Secret Royal Inspector & Joy mengisahkan mengenai kerja sama antara seorang inspektur kerajaan rahasia dengan seorang wanita untuk mengungkap korupsi yang terjadi.
Kisah dimulai ketika Ra Yi Eon yang memutuskan untuk menjadi seorang inspektur rahasia kerajaan. Dia kemudian menyamar menjadi seorang pejabat untuk mengungkapkan kebenaran tentang korupsi yang sedang terjadi. Namun mengejutkannya, dia sebelumnya malah ingin menjadi pria biasa dan hidup dengan bekal membuka toko makanan di luar ibu kota.
Kemudian dia bertemu dengan seorang wanita yang baru saja bercerai dengan suaminya. Wanita tersebut bernama Kim Jo Yi dan bercita-cita untuk memperoleh kebahagiaan setelah bercerai. Kim Jo Yi adalah sosok wanita dengan pemikiran yang bebas dan menolak adanya batasan-batasan yang diberikan kepada wanita pada masa itu. Dia kemudian bekerja sama dengan Yi Eon demi mengungkapkan kasus korupsi yang merajalela di kerajaan.
